Ο Φορέας Διαχείρισης Λιμνοθάλασσας Μεσολογγίου είναι Νομικό Πρόσωπο Ιδιωτικού Δικαίου, ο οποίος συστήθηκε το 2003 βάσει πλαισίου που διέπεται από τους νόμους 3044 (Φ.Ε.Κ. Α’ 197/27-08-2002), 1650/1986 για «την προστασία του περιβάλλοντος» και 2742 (ΦΕΚ207Α/07-10-99), ενώ συγκροτήθηκε με την Υ.Α. 126432/2460 (ΦΕΚ918Β/04-07-03) η οποία τροποποιήθηκε με την Υ.Α. 20700 (ΦΕΚ659Β/25-05-06).
Έχουν εγκριθεί όλοι οι κανονισμοί λειτουργίας του Φορέα και συγκεκριμένα: κανονισμός λειτουργίας του Δ.Σ, κανονισμός λειτουργίας προσωπικού, κανονισμός οικονομικής λειτουργίας, κανονισμός για την εκτέλεση έργων, για την ανάθεση, παρακολούθηση και παραλαβή μελετών και υπηρεσιών, την προμήθεια και την παραλαβή αγαθών, υλικών, και προϊόντων και για τη σύναψη και εκτέλεση των σχετικών συμβάσεων του Φορέα.
Ο Φορέας διοικείται από 11μελές Διοικητικό Συμβούλιο του οποίου η σύσταση καθορίστηκε με απόφαση του Υπουργού ΠΕ.ΚΑ. (ΦΕΚ.216/11-07-2011 & τροπ ΦΕΚ 497/14-08-2014). Στο Δ.Σ. εκπροσωπούνται:
Πρόεδρος του Φορέα είναι ο κ. Φώτης Περγαντής, Ειδικός επιστήμονας ως εκπρόσωπος του Υ.ΠΕ.ΚΑ.
Σκοπός του Φορέα Διαχείρισης είναι η διοίκηση και διαχείριση του Εθνικού Πάρκου Λιμνοθαλασσών Μεσολογγίου-Αιτωλικού, εκβολών και κάτω ρου ποταμών Αχελώου και Ευήνου και Εχινάδων νήσων.
Παράλληλα με την προστασία των οικοσυστημάτων ο Φορέας Διαχείρισης Λιμνοθάλασσας Μεσολογγίου είναι προσανατολισμένος στην ανάδειξη των περιβαλλοντικών αξιών της περιοχής, και στη δημιουργία των καλύτερων δυνατών προϋποθέσεων για τη βιώσιμη ανάπτυξη που επιζητά η τοπική κοινωνία.
Με βάση τα προηγούμενα, ο Φορέας Διαχείρισης, στην περιοχή ευθύνης του:
Στο διάστημα λειτουργίας του, ο Φορέας Διαχείρισης επιδιώκει και έχει επιτύχει τη δημιουργική συνεργασία με υπηρεσίες, θεσμικούς και κοινωνικούς φορείς σε τοπικό και περιφερειακό επίπεδο. Στις προτεραιότητές του βρίσκεται σταθερά η επικοινωνία με τον τοπικό πληθυσμό και ιδιαίτερα με τους φορείς εκπαίδευσης όλων των βαθμίδων. Αυτό εξυπηρετεί και η λειτουργία, στο πλαίσιο του Φορέα, του Κέντρου Πληροφόρησης Υγροτόπων Λιμνοθάλασσας Μεσολογγίου-Αιτωλικού, η μοναδική στην περιοχή υποδομή ανάδειξης των οικολογικών αξιών και λειτουργιών της.