Η λιμνοθάλασσα του Αιτωλικού βρίσκεται στο βόρειο τμήμα του συμπλέγματος λιμνοθαλασσών   Μεσολογγίου Αιτωλικού και είναι ο μεγαλύτερος υγρότοπος στην Ελλάδα, είναι μεγάλης οικολογικής σημασίας και προστατεύεται από τη σύμβαση Ramsar. Αποτελεί μια λεκάνη εγκλωβισμένη από αβαθή νερά και στεριά, η οποία επικοινωνεί νότια με τη λιμνοθάλασσα του Μεσολογγίου μέσα από δυο στενά ανοίγματα. Από αυτά τα στενά ανοίγματα εισέρχονται στη λιμνοθάλασσα τα καθαρά αλμυρά νερά του Πατραϊκού κόλπου, αφού πρώτα διατρέξουν την ρηχή μήκους 13 km και βάθους μικρότερου του 1m λιμνοθάλασσα του Μεσολογγίου. Εκτός όμως από τα θαλασσινά νερά η λιμνοθάλασσα δέχεται και άφθονα γλυκά νερά από τρεις μεγάλους χείμαρρους, από πολλούς μικρούς, από παροδικές και μόνιμες πηγές που βρίσκονται σε όλη την έκτασή της, καθώς επίσης και από αντλιοστάσια που στέλνουν τα ιδιαίτερα ρυπασμένα νερά τους στην ευαίσθητη λεκάνη.  Η λιμνοθάλασσα είναι μολυσμένη από τα απόβλητα αποχέτευσης από το Αιτωλικό  και τη γεωργία από τη γύρω περιοχή. Τα κύρια χαρακτηριστικά της λιμνοθάλασσας είναι οι μόνιμα ανοξικές συνθήκες στο βαθύτερο στρώμα νερού (7-35μ) και ο σχηματισμός  του υδρόθειου. Η ανοδική μετανάστευση του υδρόθειου στα επιφανειακά ύδατα προκάλεσε διάφορες εκδηλώσεις  θνησιμότητας των ψαριών κατά τα τελευταία 150 χρόνια.